Śledztwo
Zatrzymania i represje wobec uczestników wydarzeń rozpoczęły się już wieczorem 28 czerwca. Aresztowania i masowe zatrzymania do 8 sierpnia objęły - wg danych UB - 746 osób. Zatrzymani przekazywani byli głównie do "punktu filtracyjnego" utworzonego w pomieszczeniach garnizonowych na Ławicy, gdzie przywożeni ludzie, zatrzymywani na ulicach i w mieszkaniach, poddawani byli brutalnemu traktowaniu. Z "punktu filtracyjnego" zatrzymywani byli przekazywani do więzienia na ul. Młyńskiej, do więzienia UB przy ul. Kochanowskiego, do więzień w Gnieźnie, Rawiczu i w Środzie. Po wstępnych przesłuchaniach uwolniono ponad połowę osób, reszta została zatrzymana bądź aresztowana pod różnymi zarzutami. Zdecydowaną większość spośród zatrzymanych (blisko 80%) stanowili robotnicy.
Śledztwo w sprawie wypadków poznańskich rozpoczęto już 29 czerwca. Jego głównym motywem było nie tylko ustalenie przebiegu zdarzeń, biorących w nim udział osób i zakresu popełnionych przestępstw, ale również udowodnienie przyjętej przez PZPR tezy: wydarzenia czerwcowe miały być prowokacją przygotowaną i przeprowadzoną przez amerykańskie i zachodnioniemieckie wywiady oraz reakcyjne podziemie, a wystąpienia przeciw władzy ludowej miały być zaplanowane i kierowane.
Zatrzymane i aresztowane osoby traktowano różnie. Bardzo często zdarzały się przypadki ubliżania, bicia, maltretowania czy torturowania. Niektórzy oskarżeni zostali tak okaleczeni podczas śledztwa, że prokuratorzy, aby uniknąć pokazywania ich w sądzie, zwalniali ich z więzienia bądź kwalifikowali do procesów przewidzianych w późniejszym okresie.
Śledztwo w sprawie wydarzeń skupiło się na wątku prowokacji, kierownictwa strajku i demonstracji oraz kierowania walk z wojskiem i UB. W wyniku przeprowadzonych czynności nie stwierdzono jednak żadnej prowokacji imperialistycznej czy przeprowadzonej przez podziemie, nie stwierdzono też z góry przemyślanego i zorganizowanego charakteru zajść. Podobny wniosek - brak oznak istnienia jakichkolwiek powiązań między inicjatorami i organizatorami budowy barykad, podpaleń czy zajmowania stanowisk ogniowych - zakończył prace nad trzecim wątkiem. Z wszystkich ustaleń wynikał natomiast spontaniczny i żywiołowy charakter wydarzeń oraz powszechne poparcie ludności dla buntu.