Podmiot ustala opłatę według stawek obowiązujących w okresie, w którym korzystanie ze środowiska miało miejsce (art. 285 POŚ), do końca miesiąca następującego po upływie każdego półrocza. Szczegółowe zasady obliczania wysokości opłat na 2007r. określone zostały w obwieszczeniu Ministra Środowiska z dnia 4 października 2006r. w sprawie wysokości stawek opłat za korzystanie ze środowiska na rok 2007 (MP Nr 71, poz. 714). Opłatę należy wnieść na rachunek urzędu marszałkowskiego właściwego ze względu na miejsce korzystania ze środowiska. W przypadku pojazdów podmiot wnosi opłaty za wprowadzanie gazów lub pyłów do powietrza na rachunek urzędu zgodny z miejscem rejestracji pojazdów. Z kolei dla źródeł stacjonarnych, tj. kotłowni opłatę uiszcza się na rachunku urzędu, właściwego ze względu na miejsce korzystania ze środowiska, czyli tam gdzie urządzenia funkcjonują (art. 277 POŚ).
W tym samym terminie podmiot zobowiązany jest do przedstawienia marszałkowi województwa oraz wojewódzkiemu inspektorowi ochrony środowiska wykazu zawierającego informacje wraz z wysokością należnych opłat na temat:
- ilości i rodzajach gazów lub pyłów wprowadzanych do powietrza oraz dane na podstawie których określono te wartości;
- ilości i jakości pobranej wody powierzchniowej i podziemnej;
- ilości, jakości i składzie ścieków wprowadzanych do wód lub do ziemi;
- wielkości, rodzaju i sposobie zagospodarowanie terenu, z którego odprowadzane są ścieki;
- wielkości produkcji ryb innych niż łososiowate lub innych organizmów wodnych oraz powierzchni użytkowej stawów eksploatowanych w cyklu produkcyjnym w obiektach chowu lub hodowli tych ryb lub tych organizmów za okres od 1 maja roku rozpoczynającego cykl do 30 kwietnia roku następującego po zakończeniu tegoż cyklu.
Podmiot zwolniony jest z uiszczenia opłaty za korzystanie ze środowiska w przypadku, gdy półroczna wysokość opłat z tytułu wynosi mniej niż 400 PLN (art. 289 POŚ). Jednak nie zwalnia to podmiotu z obowiązku składania wykazów z danymi, na podstawie, których opłata została wyliczona. Jeden egzemplarz należy przesłać również wojewódzkiemu inspektorowi ochrony środowiska (art. 286 ust. 1b POŚ).
Od 1 stycznia 2008r. wejdzie w życie rozporządzenie Rady Ministrów
z dnia 6 czerwca 2007r. (Dz. U. Nr 106, poz. 723) zmieniające obecnie obowiązujące rozporządzenie w sprawie opłat za korzystanie ze środowiska.
